Я работал на организацию, выполнял заказы. Как, оказалось, через полгода после увольнения мне из налоговой пришли бумаги о необходимости доплатить налоги за период работы на эту фирму. Что теперь делать?

Согласно ст. 231 НК РФ обязанность фактически собирать и перечислять налог лежит на фирме. Хорошо, чтобы были какие-то документы о фактически полученных суммах. Можно взять распечатки из банка. Это даст возможность доказать, что на руки были получены иные деньги, чем говорит налоговая. Это даст обоснованно переложить ответственность на фирму, как оно и должно быть. Только судиться с налоговиками в Вашем случае придется не в арбитражном, а районном суде.