У меня есть задолженность перед налоговой, причем по ней насчитывается пеня. Я решил погасить долг, но оказалась, что заплатил больше, чем сама задолженность. Как мне теперь вернуть деньги назад?

Зачет излишне уплаченных сумм налога происходит по правилам ст. 78 НК РФ. Если у вас еще осталась задолженность перед бюджетом, а судя по вашему вопросу пеню вы так и не оплатили, то все излишки будут автоматически отправлены на ее погашение. Вам только необходимо сообщить в налоговый орган, что переплатили, и там все пересчитают. Можете потребовать также совместной сверки всех цифр, чтобы не возникло недоразумений, и вы были в курсе, какую сумму еще осталось погасить, или наоборот, может после погашения пени еще и останутся деньги, тогда можно говорить об их дальнейшей судьбе.