Могу ли вернуть лишнюю сумму по взысканному ранее налогу НДС? Наша организация теперь работает по УСНО и НДС, соответственно, не платит. А там большая сумма, она бы нам не помешала.

Можете. Для этого Вам необходимо подать заявление в налоговый орган, которое взыскал с Вашей организации лишний НДС. Об этом говорится в пункте 1 ст. 79 НК РФ. Но заявление вы должны подать не позднее месяца с предполагаемой даты, когда вам стало известно об этом (пункт 3 ст. 79 НК РФ), а налоговый орган, в свою очередь, должен принять какое-либо решение в течение 10 дней после подачи заявления о возврате.